Um comentário mais ou menos breve sobre essa questão:

Vejo três motivos principais para a cada vez maior adoção de PEI e similares e o escanteamento de iniciativas como o AEE (incluindo sala de recursos especializados):

1. Manter o AEE e sala de recursos especializados demanda profissionais especializados e investimento de dinheiro. A rede pública municipal até investe algum dinheiro nisso, dependendo da cidade, mas as redes estaduais e privada não querem e não vão lidar com isso na conjuntura atual (infelizmente).
2. Manter o AEE dá (muito) trabalho: a perspectiva inclusiva é confundida o tempo inteiro com a perspectiva da integração e efetivamente aplicada como tal, apesar de esse ser um erro inaceitável. A questão é que a perspectiva inclusiva demanda a reformulação escolar e social de forma indissociável, e não uma “adaptação curricular” para o aluno “problemático” (o próprio texto aponta corretamente esse desaforo que é cometido diariamente). Pensar a escola como o locus do problema e não o aluno com deficiência, minoria linguística ou outra minoria, é trabalhoso e não está sendo feito em geral. Por isso, o PEI serve como uma luva: transfere-se o problema para o aluno “problemático”. Os defensores de PEI e outras coisas, geralmente associados à causa autista, atacam professoras como a profa. Mantoan, da Unicamp, por apontar o correto: incluir não é integrar, é revolucionar.
3. O PEI e todo o resto do parecer 50 do CNE servem a iniciativas privadas que vendem soluções para pais (e responsáveis em geral) de crianças com deficiência, especialmente autistas. Esses pais e profissionais partem da perspectiva individualista de “farinha pouca, meu pirão primeiro” e estão desinteressados em revolucionar as práticas escolares e pensar comunitariamente - os pais preferem processar o Estado para cuidadores individuais ou pagar do próprio bolso pessoas para serem babás de seus filhos na escola do que pensar soluções comunitárias.

Os três motivos estão relacionados intimamente entre si e são sintomas do capitalismo tardio, infelizmente.